L’espace de gestion de l’Agence de l’Eau du Gourma est réparti entre le bassin international de la Volta et celui du Niger, avec une superficie de 50 238 Km². Il comprend les sous bassins suivants :
Les sous-Bassins de la portion du Bassin national du Niger couvrent une superficie de 28 643 Km² dans le Gourma.
Ce sont :
- la Sirba
- le Bonsaoga
- le Dyamongou
- la Tapoa-Mékrou.
Les Sous-Bassins de la portion du Bassin national du Nakanbé couvrent une superficie de 21 595 Km² dans le Gourma
Ce sont :
- la Pendjari
- la Kompienga
- le Doudodo
- le Singou
- Le Sansargou.